São numerosos os vestígios aqui presentes, legados por civilizações pré-históricas que levam a admitir mesmo a existência de povoamentos no longínquo período Paleolítico. É considerado deste período um instrumento de pedra encontrado na encosta da serra do Brunheiro. Porém, são abundantes os achados procedentes do Neolítico, do Calcolítico de Mairos, Pastoria, S.Lourenço,etc e das civilizações proto-históricas, nomeadamente nos múltiplos Castros situados no alto dos montes que envolvem toda a região do Alto Tâmega.
Foram as legiões romanas, que há dois milénios, dominaram esses homens, que até aí tinham vivido, como deuses, alcandorados no cimo das montanhas e se instalaram de modo especial no vale, fertilíssimo do Tâmega. Fixaram-se onde hoje é a cidade e distribuíram pequenas fortificações pelas alturas circundantes, aproveitando, para tais guardas-avançadas, alguns dos castros conquistados. Edificaram, presumivelmente, a primeira muralha que envolveu o aglomerado populacional; construíram a imponente ponte de Trajano, sobre a via Bracara-Asturica; tiraram proveito das águas quentes mínero-medicinais, implantando balneários termais; exploraram filões auríferos e outros recursos do solo e subsolo.
Tanta importância adquiriu este núcleo urbano, nessa época, que foi elevado à categoria de Município, quando no ano 79 dominava Vespasiano, primeiro César da Família Flavia. Será esta a origem de Aquae Flaviae, designação antiga da atual cidade de Chaves.
Situar-se-ia o imponente núcleo monumental e centro cívico da cidade no cerro envolvente da área hoje ocupada pela Igreja Matriz. O seu actual recorte lembra ainda o traçado de um acampamento romano, com o Fórum, o Capitólio e a Decumana que seria a rua Direita. De facto, neste perímetro foram encontrados os mais relevantes vestígios arqueológicos a testemunhá-lo, expostos no Museu da Região Flaviense, sendo mesmo de evidenciar uma lápide alusiva a um combate de gladiadores. A florescência da dominação romana verificou-se até ao início do século III, apagando-se gradualmente com a invasão dos povos denominados vulgarmente por Bárbaros. As invasões dos Suevos, Visigodos e Alanos, provenientes do leste europeu, puseram termo à colonização romana. As guerras entre Remismundo e Frumário que disputavam o direito ao trono, tiveram como consequência uma quase total destruição da cidade, a vitória de Frumário e a prisão do Idácio, notável Bispo de Chaves.
O período de dominação bárbara durou até que os mouros, povos do Norte de África, invadiram a região e venceram Rodrigo, o último monarca visigodo, no início do século VIII.
Com a invasão dos árabes, também o islamismo invadiu o espaço ocupado pelo cristianismo o que determinou uma azeda querela religiosa e provocou a fuga das populações residentes para as montanhas noroestinas com as inevitáveis destruições. As escaramuças entre mouros e cristãos duraram até ao século XI.
A cidade começou por ser reconquistada aos mouros no século IX, por D. Afonso, rei de Leão que a reconstruiu parcialmente. Porém, logo depois, no primeiro quartel do século X, voltou a cair no poder dos mouros, até que no século XI, D. Afonso III, rei de Leão, a resgatou, mandou reconstruir, povoar e cercar de muralhas.
Da presença islâmica remanesce, quase tão somente na cultura popular, uma grande variedade de lendas interligando castros, tesouros fabulosos e mouras encantadas.
Foi, provavelmente, por volta de 1160 que Chaves foi integrada no país que já era então Portugal, com a relevante intervenção dos lendários Ruy e Garcia Lopes tão intimamente ligados à história desta terra.
Pela sua situação fronteiriça, Chaves era vulnerável ao ataque dos invasores. D. Dinis, como medida de protecção, mandou levantar o Castelo e a fortificação muralhada que ainda hoje dominam o burgo citadino e a sua periferia, num grande raio.
Em 1253 realizou-se em Chaves. o casamento de D. Afonso III com a sua sobrinha D. Beatriz, filha de Afonso X, o Sábio; foi o Bolonhês quem concedeu à povoação o seu 1º foral, a 15 de Maio de 1258; D. Manuel I outorgaria novo foral em 1514. Aquando da Guerra da Independência, D. João I montou em redor de Chaves um cerco que durou 4 meses; tendo-se-lhe rendido a praça,.O senhorio da vila foi então dada a D. Nuno Alvares Pereira, que o viria a ceder a D. Afonso, seu genro, fundador da Casa de Bragança, na qual Chaves, se conservou durante vários séculos.
A Cidade foi cenário de diversos episódios bélicos no século XIX, nela se tendo celebrado, a 20 de Setembro de 1837, a designada Convenção de Chaves, após o combate de Ruivães, pondo termo à revolta cartista de 1837, conhecida pela revolta dos marechais. Em Chaves travou-se a 8 de Julho de 1912, o combate entre as forças realistas de Paiva Couceiro e as do governo republicano, chefiadas pelo coronel Ribeiro de Carvalho, de que resultou o fim da 1ª incursão monárquica.
A 12 de Março de 1929 Chaves foi elevada à categoria de cidade.
